Главное противопоказание — наличие кариеса в фиссуре: герметизировать можно только здоровые, интактные углубления. Если при осмотре или на рентгене обнаруживается кариозное поражение, сначала проводят полноценное лечение, а уже потом решают вопрос о защите фиссур. Также не проводят процедуру на зубах, которые прорезались не полностью: из‑за невозможности надёжно изолировать поверхность от слюны герметик не сможет прочно зафиксироваться.
К относительным ограничениям относят очень плохую гигиену полости рта и выраженную боязнь стоматологического кресла, когда ребёнок не может спокойно находиться в кресле достаточное время. Кроме того, если фиссуры анатомически широкие и открытые — их реально очищать обычной щёткой, — в герметизации часто нет необходимости: врач может предложить альтернативные методы профилактики, например, реминерализующую терапию или покрытие фторлаком.
